WHO Label: Omicron
Pango Lineage: B.1.1.529
ویروس کرونا واریته Omicron حداقل 50 جهش جایگزینی اسید آمینه، سه حذف کوچک و یک درج کوچک دارد که حدود 30 تا از آنها در پروتئین اسپایک قرار دارد. قابل ذکر است، 15 مورد از 30 جایگزینی اسید آمینه در حوزه اتصال گیرنده (RBD) واقع شده است.
Spike protein: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
ORF1ab
nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
nsp4: T492I
nsp5: P132H
nsp6: Δ105-107, A189V
nsp12: P323L
nsp14: I42V
Envelope protein: T9I
Membrane protein: D3G, Q19E, A63T
Nucleocapsid protein: P13L, Δ31-33, R203K, G204R
Amino acid changes to the spike (S) protein in SARS-CoV-2 variants of concern (VOCs)
به علت حفاظت شدگی بیشتر نواحی N و RdRp جهشهای کمتری در آنها رخ داده است. این امر سبب می شود که کیتهای شناسایی کرونا که بر اساس تشخیص نواحی N و RdRp طراحی شده اند، در صورت چک توالی پرایمرها و پروبها، مشکلی در شناسایی سویه امیکرون نداشته باشند. کیت تشخیص کووید بن یاخته نیز با چک منظم توالیهای رکورد شده در بانکهای توالی این اطمینان را ایجاد می کند که در صورت آلودگی با امیکرون، کیت قادر به تشخیص دقیق می باشد.